Omdat Basenji's nog steeds worden geïmporteerd uit hun historische thuisland, duiken er soms interessante, niet-standaard kleuren op in het ras. 

De meest voorkomende en bekende kleur is rood/wit maar er zijn nog 3 erkende varianten zoals: zwart/wit en tricolor. En de laatste en geliefde kleur, brindle/wit, werd pas in 2000 officieel als standaard erkend.

Zwart, brindle, rood en tricolor zijn de belangrijkste kleuren, die bezetten een groter gebied op het lichaam van de hond dan de witte kleur. De overerving van de basiskleuren in de Basenji is relatief eenvoudig. 

 
Voor elke kleur is één gen verantwoordelijk: het zwarte gen, het rode gen, het brindle gen en het tricolor gen. Elke hond heeft 2 genen die verantwoordelijk zijn voor zijn kleur. Ze krijgt er een van haar moeder, de tweede van haar vader. 

Hieronder heb ik elk gen aangeduid met een hond van de overeenkomstige kleur. Een hond kan 2 identieke genen krijgen. Dan is alles eenvoudig.

Maar een hond kan verschillende kleurgenen krijgen van mama en papa. Bijvoorbeeld van moeder - zwart, van vader - rood. Wat dan?
De truc is dat de kleurgenen verschillende 'sterktes' hebben. Degene die sterker is, zal zichzelf bewijzen. Een die zwakker is, blijft verborgen (recessief).

Het sterkste (dominante) gen is die van de kleur zwart. Als de hond het heeft, is zijn uiterlijk zwart. 

Let op: het tweede gen kan ELK zijn! Achter de zwarte kleur, als achter een ondoordringbaar gordijn, verbergt zich het tweede gen. Zwarte honden zijn een mysterie.
Zoals je weet, worden uit sinaasappels geen sinaasappels geboren. Zwarte of brindle basenji’s worden niet geboren uit een paar rode honden en uit een paar tricolors worden alleen tricolors geboren.
 
De genotypen van alle vier de basenji-kleuren staan ​​hieronder op de pagina.

Laat me je er kort aan herinneren dat elke hond 2 genen van de hoofdkleur heeft. Het ene gen komt van haar vader, het tweede van haar moeder. 
Als de hond 2 identieke genen heeft, zal de hond gewoon de kleur laten zien waarvoor deze genen verantwoordelijk zijn. Als vader en moeder de hond verschillende genen hebben gegeven, dan komen deze genen in de strijd. Wie er wint, is in verhouding voorspelbaar. En de kleur zal verschijnen, waarvoor het sterkere gen verantwoordelijk is. 
Het tweede gen blijft verborgen, maar gaat nergens heen. Een hond kan het doorgeven aan zijn kinderen. En hier kunnen verrassingen verschijnen.